Die Gesundheit der Lernenden und der Mitarbeitenden liegt der Schule am Herzen. Sie wird durch verschiedene Projekte und Angebote unterstützt. Neben der Bewegungsförderung haben die Lernenden die Möglichkeit, sich mit dem Thema Stress und ihrem Umgang mit verschiedenen Suchtmitteln auseinanderzusetzen. Es gibt Fruchtwochen und Projekte in den Klassen. Mitarbeitende können sich in den Pausen sportlich betätigen oder sich im Ruheraum erholen.

Die Berufsfachschule Basel ist Mitglied des kantonalen Netzwerks gesundheitsfördernder Schulen.